一、商品有機肥比農家肥要更健康

商品有機肥經過腐熟、發酵等先進的生產工藝，殺死很多病菌、卵蟲，這是農家肥所不具備的，而且農家肥存在許多缺陷：一是含鹽分較多，容易使土壤鹽化。二是糞肥養分含量不穩定，不能做到合理補肥。三是糞肥內若含有害物質、重金屬物質時，僅憑借高溫發酵不能去除。

二、商品有機肥更高效、便捷

商品有機肥比農家肥更高效體現在：改善土壤和作物品質;更便捷體現在：儲存和施用上，便于儲存，無異味。

商品有機肥具有潔凈性和完熟性兩大特點。商品有機肥在制作過程中不僅進行高溫殺菌殺蟲，通過微生物完全發酵，并且很好地控制氧氣和發酵溫度，使有機物質充分分解成為直接形成團粒結構的腐殖質等，同時產生的氨基酸和有益代謝產物得以保留。使用后不會產生對蔬菜有影響的物質。

三、商品有機肥營養分配更合理

商品有機肥中的各類養分是可調整的，可以針對不同的土壤狀況使用不同養分含量的產品。而農家肥 則比例不定，營養含量也不穩定，不能針對性的去補充植物所需營養。

雖然說商品有機肥比農家肥有很多優勢，但是施用方法也很重要，有些菜農使用商品有機肥后感覺不如農家肥有效果，這是因為使用的方法沒有改變造成的。