生物菌肥的施用其實沒有太多的約束，因為生物菌肥本身是由有機質和菌構成。在沒有施入土壤以前，其中的菌是屬于休眠狀態的。要說講究也有這么幾點：
1、在合適氣溫、地溫下都可以進行。
雖然有溫度的相關控制，但是我們在施用生物菌肥時都是在春天播種前和收茬時，還有秋季摘果后，各地氣溫地溫一般都是在合理溫度下的，不用特別介意。
2、施用方式
生物菌肥不能表土撒施。這是因為其中的菌在開袋后一般很快就會活化，也就是要在有機質或者土壤中進行菌群活動。如果沒有相應的有機質作保障，菌類很快就會被曬死。所以，生物菌肥適宜挖坑施入或者開溝施入。以確保其菌群活性。
3、混施
生物菌肥是可以和大量元素肥料配合施用均衡營養，當然也可以和精制
有機肥、農家肥混施，這在很大程度上可以促進
有機肥料的進一步腐熟或者菌類平衡。
4、施用量
按照道理，生物菌肥也不能施入太多，主要是涉及菌類的平衡問題。可是從當前普遍土壤情況和土壤微生物情況和生物肥料中菌類情況看，沒有特別的用量要求。只是從價值成本角度來控制施入量了。實際生產過程中
果樹蔬菜作物要比大田作物施入的要多。
5、避免和殺菌劑接觸
直接影響就是兩者一接觸會使生物菌肥中的菌類被殺死的可能。正常情況下也基本沒有接觸的機會。
生物菌肥已經是一種比較普遍且成熟的產品了，除了有效活菌的注意外，基本沒有什么特別值得提醒的地方，用好生物菌肥一方面是為了培肥地力，一方面是為了礦化土壤中的無機元素，另一方面是為了平衡制約菌類，達到菌群平衡。
