被病原菌污染的有機物料(原料)不能用于生物有機肥料的生產。但自然界中許多有機源或多或少地帶有病原微生物。例如染了病害的植物秸稈和藤蔓一般都釆用焚燒的方式以免下茬作物再次發病。現在為了保護環境，禁止秸稈焚燒，如何處理染病秸稈呢？養殖業產生的大量畜禽糞便，特別是染病后的畜禽糞便更需要無害化處理。最好的辦法就是將這些染病的有機源集中起來，經充分的發酵，就能使污染的廢棄物變為有用的肥料，并避免病害的擴大傳染。

發酵過程是在有一定水分的條件下升溫的過程。大多病原微生物在60℃左右都會死亡，即使遇到高溫處于休眠的芽孢桿菌雖然可短暫耐受高溫，但發酵過程是在有水條件下由低溫到高溫的過程，形成芽孢的菌體在有水和20-30℃時都會萌發，萌發的生長體不能抵抗高溫。當發酵溫度上升到60℃以上都會死亡。抗熱的芽孢形成需要干燥的環境，在潮濕的發酵環境中的病菌無法形成芽孢。總之，用發酵法處理帶病菌的有機源制成的有機肥不再帶有病原菌，長期使用發酵充分的有機肥，莊稼、果樹等病害越來越少，農藥使用量越來越少，農產品品質越來越高。成本投入少，市場收入高。

在生產微生物肥時常常需要載體吸附菌體，不清潔的載體甚至有時會污染上病原菌。為了保證菌種的潔凈度必須對菌種載體進行蒸汽滅菌，在沒有蒸汽滅菌條件的情況下，可以將載體充分發酵后再使用是一個不錯的方法，可以免去蒸汽滅菌步驟，又可防止疾病的傳染。