生物有機肥是有機類肥料中的高端產品， 在我國綠色農業發展中不可或缺。它是將特定功能微生物與主要以動植物殘體 （如畜禽糞便、 農作物秸稈等）為來源并經無害化處理、 腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。與傳統有機肥不同， 生物有機肥是含有特定功能微生物活體的制品， 除具有有機肥效應外， 還能通過其所含微生物的生命活動， 增加植物養分的供應量或促進植物生長， 提高產量， 改善農產品品質及農業生態環境， 因此已廣泛應用于我國農業生產。

生物有機肥產業迅猛發展的同時， 也暴露出一些安全隱患。除了產品原料和輔料中存在的重金屬、 抗生素、 有毒有害物質等潛在污染物外，生產菌種的生物安全也不容忽視。菌種作為微生物肥料產品核心參與者和功能主導者，安全性是產品質量安全的首要保障。近年來，隨著生物有機肥產業的不斷發展，生產用菌種范圍不斷擴大，種類日益增加， 目前使用的菌種涵蓋了細菌、 真菌、 放線菌等超過 70 種，其不安全因素也逐漸擴大。實踐中不少生產用菌種分類地位不明確， 甚至混亂， 難以從源頭上進行安全風險的初步識別。

自農業農村部對生物有機肥產品實行登記管理以來， 截至 2019 年 6 月共登記產品 1 872 個， 其中， 單一菌種生物有機肥產品 1 006 個， 兩種菌種復合產品 716 個， 3 種菌種復合產品 121 個， 4 種及 4 種以上菌種復合產品 19 個。產品中所使用的菌種已涵蓋細菌、 真菌、 放線菌等 72 種， 使用菌種的范圍還在不斷擴大。主要生產菌種使用頻次見表 1 ， 可以看出， 目前生物有機肥產品使用最多的是枯草芽孢桿菌， 占全部登記產品的 65.9％（含復合菌種產品）， 其次是膠質類芽孢桿菌 （ 23.2％ ）、解淀粉芽孢桿菌 （ 18.5％ ）、 地衣芽孢桿菌（ 17.9％ ）和巨大芽孢桿菌 （ 9.0％ ）。上述 5 種菌屬于芽孢桿菌屬和類芽孢桿菌屬， 是目前國際上公認的植物根際促生菌， 已廣泛應用于農業生產。除了上述占主導的 5 種菌之外， 有 326 個登記產品（復合）使用了其他功能菌， 占比 17.4％ ， 其中， 109 個產品未使用上述 5 種功能菌， 僅占比 5.8％ 。

細菌類生產用菌種除常見的芽孢桿菌屬和類芽孢桿菌屬菌種外， 還首次出現了高地芽孢桿菌、 類干酪乳桿菌、 屎腸球菌、 鹽居固氮菌等新菌種， 其中， 高地芽孢桿菌和鹽居固氮菌普遍存在于土壤環境中， 未見致病性報道， 屬風險一級； 類干酪乳桿菌又名為副干酪乳桿菌， 雖為風險一級 ， 但有從動物受傷部位分離到該菌的報道；屎腸球菌屬于乳酸菌類， 但是在一定條件下可致感染， 屬風險二級， 建議謹慎使用。伯克霍爾德氏菌是一些具有生物防治、 促進植物生長和生物修復等功能的細菌， 但同時也是可以引起鼻疽、 類鼻疽病的致病菌， 因此真菌伯克霍爾德氏菌屬于風險三級， 需做致病性試驗， 建議慎用或不用。真菌類生產用菌株主要為絲狀真菌和酵母菌。哈茨木霉、 米曲霉、 淡紫紫孢菌、 長枝木霉、 綠色木霉、 棘孢木霉、 黑曲霉、 粉紅螺旋聚孢霉、 金龜子綠僵菌等屬于生物安全風險等級二級， 需按照NY/T 1109－2017 《微生物肥料生物安全通用技術準則》 進行毒理學測試。酵母菌主要以釀酒酵母為主， 還有少量東方伊薩酵母、 季也蒙邁耶氏酵母、 杰丁塞伯林德納氏酵母 （原產朊假絲酵母、 杰丁畢赤酵母）、 膜醭畢赤酵母、 解脂耶羅威亞酵母等， 屬于生物安全風險等級一級， 可免做毒理學試驗。但是熱帶假絲酵母和近平滑假絲酵母亦稱為熱帶念珠菌和近平滑念珠菌， 均為條件致病菌， 醫學臨床研究發現， 多數念珠菌可引起急性、 亞急性或慢性感染等常見的真菌病。熱帶假絲酵母和近平滑假絲酵母屬于生物安全風險等級四級， 列為禁止使用的菌種。放線菌類生產用菌株多為鏈霉菌屬， 其中細黃鏈霉菌和弗氏鏈霉菌屬于生物安全風險等級一級 ；灰紅鏈霉菌、 婁徹鏈霉菌、 白色鏈霉菌、 天青鏈霉菌、 酒紅土褐鏈霉菌、 灰螺鏈霉菌、 不吸水鏈霉菌和委內瑞拉鏈霉菌等屬于生物安全風險等級二級，需要做毒理學試驗。部分企業使用的諾卡氏菌和擬諾卡氏菌也屬于放線菌， 但為條件致病菌， 可引起人和動物的諾卡氏菌病， 通過感染皮膚和內臟，引起急性、 慢性或化膿性病癥， 風險三級， 需做致病性試驗， 建議慎用或不用。