微生物菌肥適用于所有的作物。施用微生物菌肥后普遍使土壤生物量增加，如果同時配施有機肥，水分溫度得到滿足時，微生物繁殖加快，生物功能更加活躍，微生物肥料的多種特性得到充分發揮。不同的作物是否對不同的微生物加料有不同的要求？直至目前，由于農田土壤巨大的緩沖性，使用不同的微生物在不同的作物上沒有表現太多的不同作用。微生物肥料的作用是和有機質共存共同顯現的，保證質量的微生物菌劑在不同的作物上表現出更多的普適性。

在微生物肥料品種大類劃分上應該注意對不同作物的適用性。例如，在生物有機肥中，在保證微生物存活率的前提下添加無機化肥的（俗稱生物有機無機復合肥，有些地區稱全價復合肥），就應注意不同作物對氮磷鉀的不同需求。為了保花保果的目的，在開始顯現花蕾時，就可以采用發酵的液態生物肥噴施。在蘋果園里將落葉和修剪下的枝條拌入微生物菌液或菌肥后覆土，對來年產量和品質都有正面效果。如果果園樹下種了綠肥，可施豆科相匹配的根瘤菌肥，在翻耕綠肥入土時同時噴菌液或拌入菌肥效果非常好。

茶園不應一味地追求產量而施過多的氮肥，從而影響茶葉品質。茶農的收益不僅來自產量，品質也是決定收益的重要因素。應用微生物肥料，可以減少樹下枯枝敗葉的存量，配以少量化肥，對提高作物品質和產量都有好處。同樣煙草田施用微生物肥可以減少殘存煙葉和煙梗的殘留，同時與微生物肥翻入土中，連年如此可減少病害，改善品質。

免耕水稻田為了防止灌水后未造粒散裝生物有機肥大量浮于水面隨風飄蕩，宜選用造粒生物肥。液體生物肥用于插秧前的浸秧苗根，揚花前夕噴施都取得了很好的效果。微生物肥料用在中草藥生產中都有不錯的效果，一方面減少了化肥用量，另一方面保證了中草藥的有效成分不致下降。蔬菜大棚里沒有風吹，就可選用價廉未經造粒的固體生物肥，可以節約因造粒而抬高的成本。施用液體生物肥可以節約勞動力。大棚中連年施用生物菌肥可以減少棚內的植物病蟲害。

微生物都需要一定的營養才能繁殖生長。用礦粉作吸附載體的微生物肥料，用于板結或沙化土壤效果欠明顯，只能用于有大量有機質的秸稈還田的土壤或有機質非常豐富的田地，其效果顯著。

如果是與植物體共生的結瘤性微生物可從植物體得到營養，繁殖生長。草原豆科牧草對土壤要求低，缺少有機質的土壤也生長良好。

利用植物光合作用產生的能量物質，將空氣中的氮氣變成植物可利用的氮肥，這種有固氮能力的根瘤菌肥特別適合于不施肥的草原種植豆科牧草，如苜蓿。豆科牧草是提供人類優質蛋白的植物，牛羊喂飼這類牧草后產奶多、質量好，奶制品含蛋白多，長肉特別快。

但是，給肥沃土壤特別是大量使用氮素化肥的地塊，施用固氮的根瘤類微生物菌肥，則效果不明顯，例如有些花生大豆田塊撒施尿素。固氮類的生物菌肥當環境中有肥料可吃，它們決不肯花力氣去從事消耗體力的生物固氮工作來肥田的（即固氮酶的氨阻遏效應）。 

因此，使用生物菌肥應該注意應用作物種類和環境特點，才能獲得期望的效果。