由于長期形成的直觀認識，大家都認為農業廢棄物、日常生活環境中的廢棄物、餐飲業廚余、食品加工廠的垃圾、各種生物的排泄物都是臭的或存放后都會發臭。認為臭氣(異味)是這些物質天生的特征。事實上這些廢棄物絕大多數本來都不臭，而是染上各種微生物經繁殖后所產生的臭味物質。隨著人們生活水平的提高，對環境的要求越來越高。人們通常對散發著臭味的物質避之不及，或用封閉方式予以隔離。管理部門對有機類廢棄物處理單位以及生物有機肥等有機類肥料生產企業提出強制要求，需要安裝隔離封閉裝置，并配備高耗能的物理淋吸裝置如鼓風、噴淋等，再配上不斷消耗吸附材料(如活性炭等)的化學除臭裝置。這些除臭設備價格不菲，運營維持成本都很高。雖然建設時按管理規定購置了設備，但僅在督查時才開啟運轉的現象時有發生。物理和化學的方法都立足于將已產生的臭氣除掉，而且隔離除臭裝置和不停更換的都立足于將已產生吸附劑看得到摸得著，受到大多數人的青睞。物理和化學消除臭氣的思僅僅停留在除臭，而沒有思考臭氣怎么產生的。可通過調整微生物代謝途徑少產臭或不產臭。

代謝途徑 

微生物方法就是解決生物有機肥生產不產臭的一條行之有效的道路。關鍵是如何著手，如何用好此方法。在自然環境中到處彌漫著各種微生物，微生物比各種動植物先來到這個世界上，它們行使著物質轉化的功能，由于它們的辛勤工作，維持了生態環境的良性循環。微生物擔負著分解有機廢棄物的功能，微生物在行使此功能時，有多種方式，最主要有兩條道路，一條是不需要氧氣的厭氧道路，另一條是需要氧氣的好氧道路。厭氧道路上大多數中間產物都有不愉快的氣味(臭味)，而好氧道路上的產物大多沒有臭味。如果讓微生物不走厭氧道路，只能走好氧道路就不產生臭味。所以調控微生物代謝途徑是消除臭氣的關鍵。

減少乃至不產生臭氣的措施 

1、控制養殖業排泄物臭氣，首先從畜禽肚子抓起，可以在飼料中添加酵母、乳酸菌，排便臭氣將大為減輕。

2、勤于清理畜禽糞便，決不設糞便收集存放池或堆積場長時間存貯以便銷售糞便。打掃出的糞便最好在當日投人發酵裝置(發酵槽、發酵池等)，并拌和發酵菌劑。

3、少采用泵打水沖洗的方式收集糞便，這種方法稀釋了糞便，也增加了去除水分的成本。有的企業采用干濕分離機處理，結果含有營養成分的液體流失污染水域，而從干濕分離機獲得的所謂干組分失去了相當多的營養，用干組分制作的肥料質量大大降低。收集水沖糞的液體糞便收集池則整天散發臭氣。若過去建廠時不得已采用了水沖方式，只能將液體糞便輸人沼氣發酵池，讓其密閉厭氧發酵產生沼氣以及沼渣沼液。

4、生物有機肥生產進入發酵槽的畜禽糞便在添加菌劑后應及時翻拋，供氧充足的情況下不會產生臭味。
5、采用發酵床技術養殖的場所，應及時添加菌劑，增加翻拌發酵床次數;采用空松的不易分解的如稻糠、椰糠、鋸屑等作發酵床墊料，臭氣將大幅降低。

6、生物有機肥生產中采用非畜禽糞作為原料，如大棚藤蔓、食品加工廢渣、食用菌采后基質(有的地方稱廢菇棒)、秸稈、餐廚垃圾等做原料的同樣只要注重通風，增加翻拋次數，及時添加菌劑都不會產生影響環境質量的臭氣。

7、采用農家土雜肥掭加豆漿紅糖和推銷菌種混合后再行堆制的方法應慎用，往往因通氣不足產生臭氣外，還因收集的土雜肥中帶有的病菌一道繁殖，造成莊稼病害嚴重，實際中甚至因菌劑中帶有條件致病菌，致使兒童和老弱者患病的事件，應引以為戒。