有機肥的使用越來越多，土壤種植時，施入
有機肥能起到改善土壤，增加有機質的作用。但是在使用過程中糞便類有機肥燒根、燒苗的問題也很多，給農戶造成損失。
比如有農戶用秸稈、牛糞作為基質種植黃瓜，定植后發現大部分幼苗都死了，還有一些幼苗不長根。還有一些農戶在大棚里使用雞糞、羊糞，也存在死苗不生根的情況，尤其在夏秋季節高溫時期常出現。出現這些情況，主要是因為糞肥沒有發酵或者發酵不充分造成的，并不是這些有機肥不能使用。糞便類有機肥在使用時，一定要注意兩個方面。
1、糞肥在使用之前要先充分腐熟，即使糞便曬干或者自然發酵后栽苗，也存在一定的風險，最好加上發酵劑進行腐熟。發酵劑中含有多種復合菌類，利于秸稈糞便充分腐熟。不僅能提高發酵速度，而且還能殺滅病蟲、草籽，腐熟更充分，更有利于
蔬菜的生長，避免定植后出現燒苗。
將原料加水和發酵劑拌勻，然后堆在一起，上部蓋上一層塑料袋，四周不用蓋嚴。在升溫后，翻一次和空氣接觸。等到沒有臭味，體積變小，這也是發酵完成的標志。或者將發酵劑和紅糖拌勻，然后再倒入原料中進行發酵，腐熟的效果會更好。
2、如果大棚內施入沒有完全腐熟的有機肥，蔬菜定植后出現肥害，最明顯的癥狀就是燒根黃葉，趁早發現，還有緩解的機會。肥害發生初期，就要準備補救，促使根系重新發根，降低死苗的損失。
比如用生根劑進行沖施，強制生根。然后再使用海藻精，促進長出新根，調節地上部分生長，提高抗逆性。蔬菜出現黃葉，通過葉面噴施碧護加上葉面肥，促進葉片生長，同時再次促進生根。
當然了，有機肥除了糞便類基質，也可以采用植物類基質進行發酵，蛋白質、營養成分含量高，更有利于作物生長。比如上海綠緣的
碳菌肽素植物源有機肥，采用芝麻餅、木薯粉、栗子渣等優質植物原料，并添加枯草、膠凍樣芽孢桿菌等大量有益活菌，對于提高作物抗逆性，增產提質具有更明顯的作用。
