有機肥主要來源于植物和(或)動物施于土壤以提供植物營養(yǎng)為其主要功能的含碳物料，經(jīng)生物物質(zhì)、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消除了其中的有毒有害物質(zhì)，富含大量有益物質(zhì)。
它包括：多種有機物質(zhì)、肽類以及包括氮、磷、鉀在內(nèi)的豐富的營養(yǎng)元素。不僅能為農(nóng)作物提供全面營養(yǎng)，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質(zhì)，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質(zhì)和生物活性，是綠色食品生產(chǎn)的主要養(yǎng)分。
菌肥準確的講它是菌而不是肥，因為菌肥本身主要含有大量微生物，在土壤中通過微生命的生命活動，改善作物的營養(yǎng)條件。多種復合菌相互促進、相互補充，抗土傳病害效果遠遠大于單一菌種。有益菌群相互協(xié)同，共同作用，能使作物達到高產(chǎn)豐產(chǎn)、防病抗病的效果。不同有益菌所產(chǎn)生的作用不同，如巨大芽孢桿菌：解磷（磷細菌），具有很好的降解土壤中有機磷的功效，涇陽鏈霉菌：具有增強土壤肥力、刺激作物生長的能力，枯草芽孢桿菌：增加作物抗逆性、固氮等。
現(xiàn)在不少棚室的土壤的理化性狀都出現(xiàn)了不同程度的惡化，如缺乏有機質(zhì)、鹽分過高、pH值偏酸或偏堿等等，這些都不利于生物菌的生存和繁殖，如果土壤環(huán)境不好，那么使用再好的菌肥也不會產(chǎn)生好的效果。所以要注意調(diào)節(jié)土壤的理化性狀，例如增加有機質(zhì)，把土壤的pH值調(diào)整到在6.5~7.5之間等，生物菌才能發(fā)揮出效果來。
微生物菌肥中菌體類型大多數(shù)與有害菌類似，如果使用菌肥后在菌肥的持效期內(nèi)頻繁使用殺菌劑，勢必會殺滅部分有益菌，造成菌肥效果的降低。因此，在使用菌肥后選擇殺菌劑時要考慮到對生物菌的影響。
有機肥和菌肥的關(guān)系：
大多數(shù)人認為有機肥與菌肥是并列的關(guān)系，其實不然，他們是從屬關(guān)系，并且是菌肥從屬于有機肥。很多農(nóng)戶盲目的施用菌肥，但發(fā)現(xiàn)施用后效果并不明顯，并將原因歸咎于菌肥質(zhì)量不好，但除個別黑心廠家以次充好外，最根本的原因還是土壤當中沒有提供充足的有機質(zhì)供微生物繁殖，有機質(zhì)就相當于微生物的糧草，我們都知道兵馬未動糧草先行，有機質(zhì)是有益菌發(fā)揮作用的基礎(chǔ)。并且當土壤中有充足的有機質(zhì)時，即使不刻意施用菌肥，植物生長狀況也十分良好，還可改良土壤，提高環(huán)境中二氧化碳含量，促進光合作用，提高作物光合產(chǎn)物的積累，起到增產(chǎn)提質(zhì)的作用。“月笙”牌
碳菌肽素有機肥為進一步提高肥料功效，特在有機肥基礎(chǔ)上添加了大量有益菌，來同時提高土壤中有機質(zhì)和有益菌含量。
