21世紀農業發展的主要方向是現代持續集約農業。基于我國龐大的人口、有限的人均資源、科技基礎不足以及農業在國民經濟中的特殊地位，合理開發農業資源、保護環境、防止污染和提高土壤質量至關重要。
目前，在我國農田施肥投入的總養分量中，約超過1/4的氮、1/3的P2O5、80%的K2O和90%的微量元素都依賴有機肥補給。采用有機肥是現代農業持續發展的重要基石。我國施用有機肥具有悠久的歷史、廣泛的地域及豐富的經驗，并通過大量研究和實踐驗證了有機肥所具備的以下特性和功能：
(1)營養均衡，效果持久。有機肥不僅含有豐富的植物所需大量元素和微量元素，還富含胡敏酸、維生素、生長素等有機營養物質，堪稱最全面的肥料。此外，有機肥施用量可以適當調整，在一定范圍內不會影響作物生長。
(2)有機肥能夠改善土壤理化特性，提升土壤肥力。含豐富有機質的有機肥通常約為200g/kg。作為重要物質基礎，有機質對土壤肥力產生至關重要的作用。土壤有機質主要是腐殖質，占總量的50%-65%。作為一種復雜的有機膠體，腐殖質可以調節和緩解土壤酸堿度；提高陽離子交換能力以增強保肥功能；促進土壤有機質含量提升，利于良好土壤結構形成，尤其是水穩性團粒結構的增加，從而改變土壤的松緊程度、透氣性、保持水分及熱條件等方面，這些因素決定了良好的土壤肥力。因此，有機肥具備改善土壤理化特征、增強土壤肥力的優勢。
(3)促進土壤微生物活動。土壤微生物在有機質轉化過程中起著重要的作用，是衡量土壤肥力水平的重要標志之一。如土壤中有機質的礦質化過程，土壤中有機態氮磷的有效化過程，豆科植物生物固氮過程等，都與土壤微生物的作用有關。因此，施用有機肥料一方面增加了土壤有益微生物的數量和種群，另一方面為土壤微生物活動提供了良好的環境條件，使土壤微生物活動顯著增強。
(4)有機肥有助于增強土壤微生物活動。土壤微生物在有機質轉化過程中扮演關鍵角色，并被視為衡量土壤肥力水平的一個重要指標。例如，土壤中有機質礦化、有機態氮磷變成可利用形式以及豆科植物的生物固氮等過程都與土壤微生物密切相關。因此，施用有機肥既能提高土壤中益生微生物的數量和多樣性，同時也為土壤微生物活動創造了優越的環境條件，從而顯著提升土壤微生物的活躍度。
(5)降低肥料投入支出。有機肥便于就地獲取、就地應用，資源豐富，價格低廉。提高適量有機肥的施用不僅能夠改善地力、提升土壤養分含量，還可提高化肥的使用效率，從而減少化肥的用量，進一步降低農業成本。正是由于有機肥具備這些特性和作用，使得它在現代持續農業中發揮著不可替代的重要作用。
農業部近期在發布會上指出，發展有機肥既是形勢所需，也是發展必然之路。過去為確保供給，化肥使用量確實較高。這不僅導致成本增加，還對生態環境產生了影響。現階段進行化肥減量，包括實施有機肥替代化肥的政策，其目的并非完全放棄使用化肥，而是要降低過去不合理的用量和過高的使用趨勢。當前推廣農業綠色發展，有機肥取代化肥正是其中一項重要舉措。
另外，在農業生產中出現了一個現象，既是過量化肥使用引發的土壤酸化和水體富營養化，同時又存在著畜禽糞污堆積未能有效利用導致污染。透過加大有機肥施用，便可解決這一難題。有機肥取代化肥的過程使得農牧業結合更加緊密，并讓畜禽糞便得以合理利用。如此一來，不僅可以提高農產品質量，還具有多重益處，實際上是一項一箭雙雕的好政策。
因此，推行有機肥既是實施科學發展觀和構建社會主義新農村的重要戰略措施，也是促進農業產量增加、農民收入提高的關鍵手段。它同樣是提升農產品品質、增強市場競爭能力的緊密環節，更是發展循環經濟、建設節約型社會的重大舉動。同時，它還具備降低污染、培養地力、提高農業綜合生產力的根本作用，以及降低生產成本、鼓勵農民節約成本、增加收益的重要路徑。
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