有機肥燒根，并不單純地是由于溫度升高，把作物根系燒死了，當未完全發酵腐熟或者說沒有發酵的有機物料施入土壤以后，它會把作物根系燒死。主要原因有兩種：
第一點，就是未完全發酵腐熟的有機物料，碳氮比通常是不合適的，有機物料里面的脂肪、蛋白等這些養分未完全轉化，這樣的有機物料在地里面它會出現二次發酵，因為在地里面的發酵是處于一個厭氧發酵的過程，不是有益菌在發酵，而是土壤里面的土著菌，也就是我們常說的雜菌在發酵，這些雜菌在厭氧的狀態下，分解出來了甲烷、硫化氫等這些有毒的氣體，這些有毒的氣體就會抑制作物根系的生長。早期這些作物根系出于一個自我保護的意識，它會分泌出一種鐵的物質，也就是慢慢的變成褐根，如果我們沒有及時地去處理，那這個作物根系就會變黑根爛根了。
第二點燒根的原因，就是生物奪氧。未完全發酵腐熟的有機物料，在土壤厭氧狀態下它非常適合這些雜菌快速大量的繁殖，這些雜菌在繁殖的過程中，就需要大量的氧氣、養分、水分等等，這時候我們作物的這些幼根，它已經被甲烷、硫化氫這些氣體抑制它的生長了，本來幼根就處于一個弱勢的狀態，它自然是搶不過這些雜菌的。
有種植朋友可能會有疑惑，土壤里面有土著菌、雜菌，難道它就沒有有益菌嗎？其實，在厭氧狀態下，土壤不蓬松的狀態下，有益菌它是很難占據優勢的。
以上的這兩種情況，溫度越高，出現這種狀況就越快，未完全發酵腐熟的有機肥所說的燒根，基本上就是上面這兩種原因引起的，它并不是單純的因為物料的溫度高造成燒根的。
