土壤微生物多樣性也會增加土壤營養的多樣性，多樣性從地表到地中地下微生物的活動中，自身會產生一系列的有機物質，來抑制或殺死與其競爭的微生物。如果一種細菌、病毒或真菌能夠抑制其他有害微生物的生存.那么可能是這種植物與此種細菌、病毒或真菌存在共生關系，或者是為它們提供營養的植物、微生物存在共生關系，基礎是：植物為特定的微生物提供有機元素化合物，促進生長，相應的微生物通過抑制病其它原菌、天敵的進攻，或者提供其他的有益微生物來保護植物。

據資料記載，植物大約30%以上的初級產物(指植物通過光合作用將CO2，轉化為有機物的量)，以產出有機酸的方式融入土壤，因此，有機肥生物肥料，也為植物提供大量的有機元素，而產生有機酸回補作物健康生長。

有機肥、生物肥完全可以用于有機農產品種植。有機肥、生物肥是綠色制品，生產微生物肥料的原料也是農副產品（次糧，谷物等）和天然（牛羊糞便、風化煤等、秸稈）的物質。用于農田的微生物肥料中的菌株都是來自于自然界，并且是用科學的方法選出的，對人、畜、禽、植物都沒有有害性性的微生物。

比如月笙碳菌肽素有機肥、生物有機肥料產品中的載體，選自無公害的農副產品（芝麻餅、花椒餅、木薯粉等），經過發酵腐熟后施入土壤中，會全部降解。作為微生物肥料主體的各種菌體在田間發揮作用后，特別是在作物采收后，大部分都因為營養，而死亡降解。

這也是微生物肥料并不是一次施永久益，應該連年使用的原因，但是有機肥生物有機肥中富含大量對于微生物活動有益的元素，可以使各種休眠的微生物菌復活功能增加；多年使用有機肥的經驗得出，有機農產品種植對環境、土、肥、水，乃至風向都有一定要求，目前土壤改善最經濟還是有機肥、生物有機肥，果樹、大田作物的豐產也與之分不開。有機農產品論證部門也贊成使用有機肥、生物肥。微生物肥料是有利于土壤環境可持續發展的有機綠色肥料。

科學嚴格的制作工藝與配方，高品質的原材料，30-45天、60-70攝氏度定期翻拋，徹底腐熟發酵才能保證質量，才能保證產品在土壤中的活性充分發揮，土壤生物的多樣性結合有機質的增加，活性也會越來越高，土壤的活性及多樣性會更加的豐富，更有益作物的生長及產量的提高。（專有名詞來源中國土壤，內容參考綠皖田）