大棚悶棚、消毒滅菌的時候，不少農戶有疑問，
有機肥應該在什么時候用呢？悶棚前還是悶棚后？如果在土壤悶棚消毒前施用，養分是否有損失呢？
正確答案是：有機肥通常應該在土壤消毒悶棚前施用。
分析原因如下：
一是未完全腐熟的有機肥料經過悶棚處理，會得到進一步腐熟；
二是有機肥料中的病原菌、害蟲等有害微生物經過高溫悶棚處理，基本上被殺滅，不會再對作物產生危害；
三是超過有效期的微生物菌肥、生物有機肥也應當在土壤悶棚消毒前施用，以防雜菌污染消毒后的土壤。
不能否認，土壤消毒前施用有機肥對養分是有損失的，尤其是肥料中的氮素，損失會更大一些，對磷和鉀則影響不大。在通過消毒使有機肥養分損失與殺滅有機肥料可能帶病菌之間抉擇，就是寧損失點養分也不要消毒后再施用帶病菌的有機肥料。
需要補充一點，在高溫悶棚滅菌時，土壤表層的有益菌和有害菌其實都是會被殺死的。故而，菌肥應該在悶棚后使用。否則，表層土壤內的生物菌處于“空倉期”，土壤深層的有害菌還是會涌上來的。高溫悶棚后，適當增施菌肥，能有效抑制根部病害發生。
